토지 보상 시 꼭 확인해야 할 세제

최근 ‘용인 첨단시스템반도체 클러스터 국가산업단지’에서 대규모 토지 보상이 진행된 데 이어, 올해에도 김포, 창녕, 광명·시흥, 인천 구월, 곤지암 등에서 토지 보상이 예정되어 있다. 해당 지역의 지주는 보유 토지가 수용되는 대신 보상금을 수령하게 되며, 보상금 수령 시 해당 토지의 양도로 보아 양도소득세를 과세한다.

지주들과 상담하다 보면, 양도소득세가 너무 많아 놀라는 경우를 종종 본다. 공익사업에 따라 토지가 수용되는 경우, 일반 양도와 달리 세액 감면을 적용하고 있다. 특히 지난해 세액 감면율과 감면 한도가 상향되어 보상 시기에 따라 양도소득세가 달라질 수 있다. 이에 대해 자세히 살펴보자.

현행 조세특례제한법에 따르면, 공익사업의 원활한 수행 지원 목적 및 공익사업용으로 수용되는 토지에 대해서는 부득이한 점을 감안해 양도소득세 부담을 일부 완화해 주고 있다. 사업인정고시일부터 2년 이전에 취득한 토지에 대해선 아래와 같은 세액 감면율이 적용된다.

한편, 공익사업으로 인한 토지 수용 시 토지주의 양도세 부담이 사업 지연을 초래한다는 지적이 지속적으로 제기됐다. 이에 따라 2025년에 감면율이 일부 인상되었으며, 자경 감면의 경우 별도 감면 한도를 두는 것으로 개정되었다.

과세 관청에서는 8년 이상 자경한 농민의 조세 부담을 덜어주기 위해 감면 혜택을 높게 주는 만큼 판단 기준을 매우 까다롭게 적용해, 과세 관청과 납세자 간 분쟁이 많이 발생하고 있다.

8년 자경 시 주요 감면 요건은 아래와 같다.

그리고 거주한 사실을 입증하려면 주민등록초본을 통해 확인 가능하며, 실제 농지 소재지에 거주했으나, 주민등록상 다른 지역에 거주한 것으로 되어 있으면, 관리비와 전기세 납부 영수증 등을 통해 농지 소재지에 거주한 사실을 적극적으로 입증해야 한다.

또 농지원부, 농약 및 비료 등 구입 영수증, 농작물의 판매 영수증, 직불금 수령 내역, 인우보증서 등을 통해 8년 자경했음을 구체적으로 입증해야 한다.

토지 보상 협의 시 협의 기간 내 협의에 응하면 소유권이 이전되며, 보상금이 지급됨으로써 협의 보상 절차가 종결된다. 다만, 협의가 성립되지 않을 때는 수용재결 심의 절차를 거쳐 보상이 시행된다. 또 수용재결 심의 절차가 5~7개월 소요되므로, 하반기에 보상금 통보 시 일부 필지에 대해 수용재결 절차를 거치면 보상금 수령 해(年)를 다음 해로 넘길 수 있다.

세법에서 정한 양도 시기는 등기 이전일 및 잔금 수령일, 수용개시일 중 빠른 날이므로, 일부 필지에 대해 해를 달리해 수용재결 절차를 거치는 경우 보상금 수령 시마다 각각 양도소득세를 신고해야 한다.

이렇게 해를 달리해 양도소득세를 신고하면 매년 양도소득세율이 누진세율(6.6~49.5%, 지방소득세 포함)로 적용되며, 감면 한도가 매년 각각 적용돼 양도소득세 절세가 가능하다. 특히 일반 토지와 자경한 농지를 대규모로 보상받는 경우 해를 달리해 보상금 수령 및 등기를 이전하면 최대 5억 원까지 감면받을 수도 있다.

그리고 1세대 2주택인 경우로서 양도차익이 큰 주택이 수용되면, 기존 주택을 먼저 처분해야 1세대 1주택 비과세 혜택을 극대화할 수 있다.

위와 같이 토지 보상 시 양도소득세를 절감할 수 있는 방안이 있으니, 보상 협의 전 세무전문가와 충분히 상담해 최적의 의사결정을 하는 것이 바람직할 것으로 판단된다.