수정세금계산서 이렇게 발급하세요! 사유 및 발급 방법 알아보기

사업할 때 꼭 알아야 하는 세무 정보
25.10.24
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목차

3줄 요약

  • 세금계산서를 잘못 발급했거나 계약 조건 변경 등으로 수정이 필요한 경우 수정세금계산서를 발급해야 해요. 
  • 기재 착오, 공급가액 변동, 환입 등 상황에 따라 발급 방식과 기한이 다를 수 있어요.
  • 부가가치세 신고 내역에 영향을 줄 수 있으므로 거래처에도 반드시 알리고, 필요 시 수정신고를 진행해야 해요.

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사업을 하다 보면 세금계산서를 잘못된 내용으로 발행하거나, 계약 조건이 바뀌어 금액이 달라지는 경우가 종종 생기죠. 이때는 ‘처음부터 새로’가 아니라 상황에 맞게 수정세금계산서를 발급해야 하는데요.

세금계산서 수정발급이 필요한 경우와 유형별 발급 방법, 발급기한과 사후 처리 방법까지 알려드릴게요.

콘텐츠 제목인 '수정세금계산서 이렇게 발급하세요! 사유 및 발급 방법 알아보기'라고 써있는 대표 이미지이다.

세금계산서 수정발급

수정세금계산서란?

수정세금계산서는 세금계산서를 이미 발급했으나 공급가액·공급일자·공급받는 자 정보 등 필요적 기재사항*을 잘못 적었거나 이후 변경이 생긴 경우 수정해서 발급하는 세금계산서예요. 정상적으로 발급된 세금계산서를 나중에 정정하거나 변동된 내용을 반영하기 위해 쓰이는 문서인 셈이죠.

*필수로 기재해야 하는 항목

수정세금계산서 발급

이럴 때 필요해요!

세금계산서를 수정 발급해야 하는 상황은 크게 두 가지로 나눌 수 있어요.

1) 발급 시점에 오류가 생긴 경우

세금계산서 발급 시 금액이나 거래처 정보를 잘못 적었거나, 같은 거래에 대해 세금계산서를 중복 발급한 경우 또는 내국신용장이 개설되어 영세율로 수정해야 한다면 세금계산서를 처음 발급한 날과 같은 날짜로 다시 발급해야 해요.

*수출용 원자재나 완제품을 거래할 때 사용하는 신용장으로, 수출 장려 차원에서 부가가치세가 면제(0%)돼요.

2) 발급 이후에 수정 사유가 생긴 경우

계약 조건이 바뀌어 공급가액이 변동되었거나, 계약이 취소되거나, 납품한 물건이 반품되어 거래 내용이 달라졌다면 변동 사유 발생일, 계약 해제일, 환입된 날로 작성일자를 다시 설정하여 수정세금계산서를 발급해야 해요.

🔎 세금계산서 수정발급이 필요한 6가지 유형

수정사유 설명
기재사항 착오정정 등
필요적 기재사항을 수정해야 하는 경우
착오에 의한 이중발급 등
착오로 같은 거래에 대한 세금계산서를 중복 발급한 경우
내국신용장 등 사후개설
내국신용장 등이 사후개설돼 영세율 세금계산서를 발급하는 경우
공급가액 변동
계약 내용 변경 등 공급가액이 증감하는 사유가 발생하는 경우
계약의 해제
계약의 해제 등으로 재화나 용역의 공급이 없게 된 경우
환입
당초 공급한 재화가 환입(반품)돼 공급가액이 감소한 경우

그 밖에 공급자 주소, 거래처 상호, 품목·단가·수량처럼 필수 기재사항이 아닌 항목을 잘못 적은 경우에는 수정세금계산서를 새로 발급하지 않아도 됩니다.

유형별로 달라요

수정세금계산서 발급 방법과 기한

1) 기재사항 착오정정 등

기재사항을 잘못 적은 경우에는, 먼저 잘못 발급된 세금계산서를 취소하는 마이너스 세금계산서를 발행하고 올바른 내용을 적은 세금계산서를 같은 작성일자로 다시 발급해야 해요.


발급기한은 사유에 따라 달라요. 단순 착오라면 착오 사실을 인식한 날까지, 그 외의 사유(예: 공급받는 자의 사업자등록번호를 잘못 적은 경우)라면 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 발급하면 됩니다.

2) 착오에 의한 이중발급 등

같은 거래에 대해 세금계산서를 중복 발급했다면, 당초 발급분을 취소하는 마이너스 세금계산서를 발행하면 돼요. 작성일자는 당초 세금계산서의 작성일자와 같게, 발급은 착오 사실을 인식한 날 바로 발급해야 합니다. 

3) 내국신용장 등 사후개설

내국신용장이 사후에 개설된 경우에는, 기존 세금계산서를 마이너스 세금계산서로 처리하고 새로 영세율 세금계산서를 발급해야 해요. 작성일자는 당초 세금계산서의 작성일자로 하고, 발급은 내국신용장 개설일이 속한 다음 달 10일까지 해야 합니다. 만약 부가가치세 과세기간 종료 후 25일 이내에 개설됐다면 그때는 25일까지 발급하면 돼요.

4) 공급가액 변동

공급가액이 변동된 경우에는 증감된 금액만큼 수정세금계산서를 발급하면 돼요. 금액이 늘었다면 일반 세금계산서로, 줄었다면 마이너스 세금계산서로 처리합니다. 예를 들어 당초 공급가액이 500만원에서 계약 변경으로 600만원으로 늘었다면, 변동된 차액인 100만원만 수정세금계산서로 발급하면 돼요. 작성일자는 변동 사유가 발생한 날, 발급은 사유 발생일이 속한 다음 달 10일까지 하면 됩니다.

5) 계약의 해제

계약이 해제된 경우에는 당초 발급된 세금계산서를 마이너스 세금계산서로 발행하면 돼요. 작성일자는 계약 해제일, 발급은 해제일이 속한 다음 달 10일까지 하면 됩니다.

6) 환입

공급한 물품이 반품되어 거래가 취소된 경우에는 돌려받은 금액만큼 마이너스 세금계산서를 발급하면 돼요. 작성일자는 실제 환입된 날, 발급은 환입일이 속한 다음 달 10일까지 하면 됩니다.

'세금'과 관련된 문서를 모아둔 서류철이다. 계산기와 함께 배치되어있다.

홈택스에서

수정세금계산서 발급하는 법

수정세금계산서는 홈택스에서도 쉽게 발급할 수 있어요. 아래 절차대로 따라 하면 어렵지 않게 완료할 수 있습니다.

  1. 홈택스에 로그인합니다.
  2. 전체 메뉴에서 [계산서·영수증·카드> 전자(세금)계산서 발급> 전자(세금)계산서 수정발급] 순서로 들어가세요.
  3. ‘당초 전자발급분이 있는 경우’를 클릭해 확인합니다.
  4. 수정할 세금계산서를 조회해 체크한 뒤 [수정세금계산서 발급] 버튼을 누릅니다.
  5. 여섯 가지 수정 사유 중 해당 사유를 선택하고, 각 유형별 발급 방법에 맞게 수정세금계산서를 작성하면 완료됩니다.

부가가치세 수정신고

발급 뒤에도 챙겨야 할 게 있어요

수정세금계산서를 발급한 뒤에는, 해당 내역이 이미 신고된 부가가치세에 영향을 미치는지 살펴야 해요. 발급 시점에 생긴 오류인지, 나중에 발생한 사유인지에 따라 부가가치세 수정신고가 필요한 경우와 그렇지 않은 경우로 나뉩니다.

1) 수정신고가 필요한 경우

기재사항 착오정정이나 이중발급처럼 발급 오류가 원인인 경우, 그 착오를 인식한 시점이 중요해요. 예를 들어 6월 공급건에서 오류를 발견했는데 부가가치세 상반기 확정신고 기한(7월 25일) 이전이라면 신고 전에 수정 반영이 가능하므로 별도의 수정신고는 하지 않아도 돼요. 하지만 이미 신고기한이 지난 뒤 오류를 발견했다면 수정신고 또는 경정청구 절차를 통해 다시 신고해야 합니다.

2) 수정신고 하지 않아도 되는 경우

계약 해제나 환입(반품)과 같은 사후 사유인 경우, 수정 사유 발생일을 기준으로 세금계산서를 발급하기 때문에 이미 확정된 부가가치세 신고 내역에는 영향을 주지 않아요. 해당 내역은 다음 부가가치세 신고 기간에 반영하면 됩니다. 

또한 수정세금계산서를 발급할 때는 거래처에도 반드시 수정 사실을 알려야 해요. 세금계산서가 변경되면 상대방의 부가세 신고 내역에도 영향을 주기 때문에 매입세액 공제나 환급·납부 금액이 달라질 수 있습니다. 국세청 홈택스에서도 수정 발급 사실을 확인할 수 있지만, 발급 전에는 미리 협의하고 발급 후에는 다시 한 번 공유하는 것이 가장 안전해요.

수정세금계산서 자주 묻는 질문

이런 점이 궁금해요!

Q. 수정세금계산서를 발급하면 가산세가 부과되나요?

💁🏻 세법에서 정한 사유로 기한 안에 적법하게 수정세금계산서를 발급했다면 가산세는 없습니다. 다만, 발급기한을 넘기면 공급가액의 1%, 아예 발급하지 않으면 공급가액의 2%가 가산세로 부과돼요.

Q. 수정세금계산서를 발급한 후, 다시 한 번 더 수정할 수 있나요?

🙆🏻 네. 수정세금계산서를 발급한 뒤 다시 착오나 변경 사유가 생겼다면, 그 사유에 맞춰 추가로 발급할 수 있어요.

Q. 폐업한 뒤에도 수정세금계산서를 발급할 수 있나요?

🙅🏻 아니요. 공급자나 공급받는 자 중 어느 한쪽이라도 폐업 상태라면 수정세금계산서를 발급하거나 수취할 수 없어요.

이 콘텐츠는 세무사 남궁찬호님의 도움을 받아 한국능률협회미디어와 함께 만들었습니다.
해당 콘텐츠는 2025년 10월 24일에 발행되었습니다. 발행일 이후 변경된 내용이 있을 수 있으니 참고해주세요. 오직 정보 제공만을 목적으로 제작되었으며, 개인적인 자문 또는 홍보 목적의 콘텐츠가 아닙니다. 개인의 상황에 따라 다르게 적용될 수 있으며, 개인이 입은 손해에 대한 법적 책임을 입증하기 위해 사용할 수 없습니다.

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