다시 보는 장기보유특별공제

세금을 줄이려면 어떻게 해야 할까. 이미 나온 세금은 줄일 수 없으니 납세의무가 성립하는 시점 전에 절세 계획을 세워야 한다. 양도소득세는 양도로 발생하는 세금이므로 양도소득세를 줄이려면 ‘양도 전’에 준비해야 한다.

가장 먼저 양도소득세는 ‘양도 시점’을 기준으로 세법을 적용하므로 양도하기 전 상황에서 새롭게 개정된 세법 내용이 있는지 살펴본다. 조정대상지역 양도소득세 중과세 한시 배제가 2024년 5월 9일까지 1년 연장되고, 일시적 2주택 유예 기한이 양도소득세, 취득세, 종합부동산세 모두 3년으로 연장되는 등 최근 주택 관련 세법 변화가 많으니 알아둘 필요가 있다.

이와 같이 부동산 양도 전 세법 관련 주요 내용을 검증한다면 보다 정확한 절세 방향을 찾는 데 도움이 될 것이다.

양도소득세는 토지나 건물과 같은 부동산, 분양권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리, 일정 주식이나 골프 회원권 등이 과세 대상이며, 취득가액(필요경비 포함)과 양도가액의 차이인 양도차익에 과세하는 구조다.

실물 자산인 부동산의 양도차익에는 실질적 이익이라고 보기 어려운 물가 상승분이 반영될 수 있다. 이런 물가 상승분 수준의 양도차익을 줄여주는 절세 장치가 장기보유 특별공제다. 장기보유특별공제를 적용받는 대상은 ‘3년이상’ 보유한 ‘부동산’에서 발생한 양도차익이다.

이 조건을 충족했더라도 미등기 부동산이나 조정대상지역 다주택 중과세 대상일 때는 공제 대상이 아니다. 다만 조정대상지역 다주택은 한시적으로 중과세 적용을 배제하고 있어 현재는 장기보유특별공제 적용을 받을 수 있다.

양도 당시 부동산이지만 공제되지 않는 경우가 있다. 거주자(양도일까지 계속 5년 이상 국내에 주소 또는 거소를 둔 경우)가 투자 목적 등으로 취득한 해외 부동산을 양도할 때는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없다.

반면 양도 당시 부동산이 아니지만 장기보유특별공제 대상인 경우도 있다. 보유 부동산이 ‘도시 및 주거환경 정비법’ 등에 따라 조합원입주권으로 전환된 상태로 양도할 때 관리처분인가일 전 발생한 부동산 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 적용한다.

장기보유특별공제율은 취득일부터 양도일까지의 보유 기간에 따라 공제율을 달리 적용한다. 여기서 양도일은 잔금청산일이나 등기접수일 중 빠른 날이다. 취득일은 취득 원인에 따라 다른데, 매매로 취득한 경우 잔금 청산일과 등기접수일 중 빠른 날, 상속받은 경우 상속개시일이다.

상속 부동산은 상속인이 새로 취득한 것이므로 보유 기간 계산은 상속개시일부터, 취득가액은 상속개시 시점 시가로 계산한다. 따라서 상속받은 부동산은 피상속인의 보유 기간과 관계없이 상속개시일부터 3년이 지나야 장기보유특별공제 대상이 된다.

증여받은 부동산의 취득일은 증여를 받은 날(증여등기 접수일)이지만, 배우자 또는 직계존비속 간 증여의 경우 예외 기준이 있다. 배우자 또는 직계존비속에게 증여받은 날부터 5년(2023년 이후 증여분부터는 10년) 이내 양도하는 경우 당초 증여자의 취득가액을 기준으로 양도차익을 계산한다(‘양도소득세 이월과세’).

이때 장기보유특별공제에 적용하는 보유 기간 계산 시에도 증여자의 취득일을 기준으로 적용한다.

일반 장기보유특별공제는 부동산 보유 기간에 공제율 연 2%를 곱해 3년 보유 시 6%, 최대 15년 이상 보유하면 30%를 적용한다. 장기보유특별공제는 보유 기간을 ‘연’ 단위로 적용하므로 양도 시점에 연 단위가 높아야 유리하다.

가령, 5년 11개월을 보유했다면 5년으로 공제율을 적용하지만, 잔금일을 1개월 더 늦추어 보유기간을 6년으로 맞춰 양도한다면 장기보유특별공제율이 10%(5년)에서 12%(6년)로 늘어난다. 

장기보유특별공제율은 일반 공제율과 우대 공제율 2가지가 있다. 양도일 현재 1세대 1주택이면서 보유 기간 중 2년 이상 거주하면 우대 공제율(최대 80%)이 가능하다. 우대 공제율은 보유 기간 연 4%와 거주 기간 연 4% 공제율을 각각 적용해 합산한다.

양도일 현재 10년 이상 보유하고 10년이상 거주한 1세대 1주택이라면, 보유 기간 공제율 40%와 거주 기간 공제율 40%를 합산해 80% 공제율이 가능하다. 반면, 1세대 1주택이더라도 최소 거주 기간 2년을 채우지 못하면 일반 공제율 적용 대상이 된다.

1세대 1주택은 보유 기간 2년(취득 당시 조정대상지역인 경우 거주 기간 2년 포함) 요건 충족 시 양도가액 12억원까지 비과세를 받을 수 있어 장기보유특별공제 대상이 아니다.

그러나 1세대 1주택이더라도 양도가액 12억원을 초과하는 고가 주택일 때는 양도소득세 과세 대상이므로 양도 시점에 적용하는 장기보유특별공제 우대율 적용조건에 관심을 두고 절세 효과를 검토할 필요가 있다.

장기보유특별공제 우대율 적용에 필요한 거주 기간 2년은 해당 주택 취득 후 실제 거주 기간을 말하지만, 예외적으로 상생임대주택 조건을 충족한 1세대 1주택 장기 보유특별공제 적용 시에는 2년 거주 기간 요건은 적용하지 않는다.