내년부터 달라지는 종합부동산세 및 양도소득세 살펴보기

2026년 세제 개편안이 8월에 발표되면서 종합부동산세와 양도소득세를 중심으로 부동산 세제 전반에 대폭적인 개편이 예고되었다. 종합부동산세는 기본공제 금액과 공정시장가액 비율, 세율 체계가 동시에 개편되었으며, 양도소득세는 장기보유특별공제가 ‘거주’ 중심으로 재편되어 실거주자에 대한 혜택이 확대되는 방향으로 개정될 예정이다. 개정된 주요 내용을 미리 살펴보자.

주택분 종합부동산세(이하 ‘종부세’)의 기본공제 금액이 1세대 1주택 여부와 거주 여부에 따라 아래와 같이 차등화된다. 1세대 1주택자가 해당 주택에 거주하면 기본공제 금액이 12억원에서 14억원으로 상향되는 반면, 비거주 1세대 1주택자는 종전과 동일한 12억원이 적용된다. 반면 1주택자 외(다주택자)의 기본공제 금액은 9억원에서 4억원+(5억원×거주 주택 공시가격/전체 주택 공시가격)으로 대폭 축소되어 과세 대상이 크게 늘어날 것으로 예상된다.

주택분 종부세 공정시장가액 비율은 현행 60%에서 70%로 인상되고, 3주택 이상 보유자 및 조정대상지역 2주택 보유자는 2027년 70%를 거쳐 2028년 80%까지 단계적으로 인상될 예정이다. 아울러 다주택자에게 적용되던 차등세율 체계가 단계적으로 폐지되어, 2028년 이후에는 보유 주택 수가 아니라 ‘주택가액’을 기준으로 세율이 일원화될 예정이다.

특히 2주택 이하 보유자에 대한 과세표준 6억원 초과 12억원 이하 구간의 세율이 1.0%에서 1.3%로 인상되고, 3주택 이상 보유자에 대한 차등세율은 2028년부터 완전히 폐지된다.

현행 1세대 1주택자 세액공제는 연령공제와 보유기간에 따른 보유공제로 구성되어 있으나, 개편안에 따르면, 보유기간 공제를 거주기간 공제로 전환한다. 2027년에는 보유공제(거주공제의 1/2)와 거주공제 중 높은 금액을, 2028년 이후에는 거주공제만 적용하며, 세액공제 금액 한도는 2027년 800만원, 2028년 이후 600만원으로 축소될 예정이다.

부부가 공동명의로 1주택을 보유하면 1세대 1주택자로 신청해 기본공제 14억원(거주), 12억원(비거주) 및 거주공제를 적용받거나, 각자 납세의무자로 신고해 1인당 기본공제(거주용 9억원, 비거주용 6억원) 적용 방식 중 유리한 쪽을 선택할 수 있다.

양도소득세(이하 ‘양도세’)의 장기보유특별공제 제도는 ‘장기거주 소득공제’(주택·조합원입주권)와 ‘장기보유 소득공제’(토지·주택 외 건물)로 이원화되고 명칭도 변경된다. 특히 1세대 1주택자는 기존 거주(연 4%·최대 40%)·보유(연 4%·최대 40%) 공제율이 거주공제 중심으로 단계적으로 확대되는 대신 보유공제는 축소·폐지되는 방향으로 개편될 예정이다.

다주택자가 2028년 양도 시에는 거주공제(연 2%·최대 30%)와 보유공제(연 1%·최대 15%) 중 높은 공제율을 적용한다. 다주택자가 2029년 이후 양도 시 2년 이상 거주한 경우에 한해 거주공제(연 2%·최대 30%)만 적용받을 수 있어, 실거주하지 않은 주택은 장기보유특별공제 혜택에서 사실상 배제된다. 아울러 장기거주 소득공제에는 공제 한도가 신설되어 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원으로 제한될 예정이다.

양도가액 30억원 이하이면서 10년 이상 거주한 1세대 1주택을 양도할 때, 기존 연 250만원인 양도소득 기본공제 외에 연 2,500만원의 공제가 추가로 신설될 예정이다(특수관계인 간 양도 및 비거주자는 제외).

또 2028년 12월 31일까지 만 65세 이상 1세대 1주택자가 2년 이상 계속 거주 중이며, 보유기간 중 5년 이상 거주한 수도권 주택을 제3자에게 양도한 후 6개월 이내 비수도권으로 이주할 때, 2027년 양도세의 50%(5억원 한도), 2028년 30%(3억원 한도)를 감면하는 한시적 양도세 과세특례가 신설될 예정이다.

다주택자가 조정대상지역 내 2년 이상 보유한 주택을 양도할 때 적용되는 중과세율(1세대 2주택 +20%p, 3주택 이상 +30%p)이 2027~2028년간 한시적으로 완화된다. 다만, 장기보유특별공제는 이 기간에도 미적용된다.

한편, 조정대상지역 소재 주택 보유자가 조정대상지역 내 신규 주택을 취득해 일시적으로 2주택이 되면 1세대 1주택 특례(양도세 비과세·종부세 기본공제 금액 등)를 적용받을 수 있는 기간이 신규 주택 취득일로부터 3년에서 2년으로 단축된다. 다만, 비조정대상지역 소재 주택 보유자는 기존과 같이 3년이 그대로 유지된다.

임대의무기간 종료 후 등록이 말소된 조정대상지역 소재 매입임대 아파트에 대해 영구적으로 적용되던 양도세 중과배제와 장기보유특별공제 우대(50%)가 단계적으로 축소된다. 2027년 말까지 조정대상지역 소재 매입임대 아파트 양도분은 현행처럼 중과배제·50% 우대가 유지되나, 2028년 양도분은 중과세율의 1/2 적용과 우대공제율 30%로 축소되고, 2029년 이후 양도분부터는 중과배제·우대공제가 모두 폐지된다.

아울러 비사업용 토지에 대해서는 2028년 이후 양도분부터 장기보유특별공제 적용이 배제되며, 양도세 중과세율도 기본세율에 더해지는 가산율이 10%p에서 20%p로, 법인세 추가 과세 세율도 10%에서 20%로 각각 상향된다.

이번 개편안은 종부세와 양도세 모두 ‘보유’보다 ‘거주’를 우대하는 방향으로 설계되어, 다주택자와 비거주 주택 보유자의 세 부담은 단계적으로 크게 늘어날 것으로 예상된다. 다만, 국회 심의 과정에서 세부 내용이 변경될 수 있으므로, 확정된 법안과 시행령을 확인한 후 보유·양도 시기와 방식을 판단하는 것이 바람직할 것으로 보인다.