세무조사 대상 및 대응 방법은? 개인사업자도 해당될 수 있어요

사업할 때 꼭 알아야 하는 세무 정보
26.02.24.
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3줄 요약

  • 세무조사는 사업자의 세금 신고 내용의 정확성을 확인하기 위한 절차로, 개인사업자도 조사 대상이 될 수 있어요.
  • 인건비 과다 신고, 매출 누락, 사업과 무관한 비용 처리 등은 세무조사의 주요 원인이에요.
  • 사업용 지출 구분, 증빙 서류 챙기기, 매출・인건비 신고만 잘해도 세무조사에 충분히 대비할 수 있어요.

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세무조사는 세금 신고 내용을 확인하기 위한 절차로, 대기업・고소득자뿐 아니라 작은 가게를 운영하는 소상공인이나 개입사업자도 조사 대상이 될 수 있어요. 세무조사가 시작되면 장부와 증빙 서류 등 관련 자료를 제출해야 하므로, 평소에 체계적으로 관리해두는 것이 중요한데요.

개입사업자 세무조사 대상, 절차 및 대응 방법까지 알아볼게요.

콘텐츠 제목인 '세무조사 대상 및 대응 방법은? 개인사업자도 해당될 수 있어요'라고 써있는 대표 이미지이다.

세무조사 하는 이유

세무조사란?

세무조사는 사업자가 세금을 제대로 신고했는지 확인하기 위한 절차예요. 신고한 매출과 비용, 공제·감면 적용 내용이 실제 사업 내용과 맞는지를 전반적으로 점검하죠. 예를 들어 매출을 누락하진 않았는지, 비용을 과다하게 처리하진 않았는지, 부가가치세 공제나 각종 세액감면을 잘못 적용하진 않았는지 등을 장부와 증빙서류를 통해 확인해요. 

세무조사 언제 진행될까?

세무조사 방식 및 대상

세무조사 방식은 크게 두 가지예요. 정기적으로 이뤄지는 조사와 특정한 사유가 있을 때 이뤄지는 비정기 조사가 있습니다.

📆 정기 세무조사

정기 세무조사는 일정 기간마다 세금 신고 내용이 실제와 맞는지 확인하기 위해, 일부 사업자를 표본 형태로 선정해 진행하는 조사예요. 탈세 의심 등 특별한 이상이 없어도 사업을 하고 있다면 누구나 조사 대상에 선정될 가능성이 있어요. 일정 비율은 무작위로 추출하기도 합니다.

🔎 비정기 세무조사

비정기 세무조사는 신고 내용에 이상 징후가 발견될 때 진행되는 조사입니다. 정기 점검 성격의 정기 세무조사와 달리, 특정 사유가 발생했을 때 수시로 실시돼요.


  • 세금 신고나 서류 제출을 제대로 안 했을 때
  • 실제와 다른 거래(무자료 거래, 가공 거래 등)가 의심될 때
  • 탈세 제보가 있을 때
  • 신고 내용에 잘못된 부분이 있다는 명확한 자료가 있을 때
  • 세무공무원에게 금품을 제공하거나 알선한 경우

세무조사 절차

이렇게 진행돼요

1) 사전 통지

국세청(또는 세무서)은 조사 개시 15일 전까지 대상자에게 사전 통지서를 서면으로 발송해요. 통지서를 받으면 조사 대상 세목, 조사 기간, 조사 사유 등을 확인해 미리 준비해야 합니다.


다만 천재지변, 화재, 질병, 장기출장 등으로 정상적인 대응이 어렵다면 세무조사 연기를 신청할 수 있는데요. 증거 인멸 우려가 있는 경우에는 사전 통지 없이 즉시 조사가 진행되기도 해요.

2) 조사 실시

조사가 시작되면 먼저 신원 확인, 납세자 권리 안내, 청렴 서약서 작성 등의 절차가 진행됩니다. 그 뒤 본격적으로 장부나 증빙 자료를 확인하면서, 세법 위반이나 탈루 사실이 있는지를 살펴보게 돼요. 


조사 과정에서 납세자는 충분한 소명 기회를 가질 수 있어요. 세무사의 도움을 받는 경우 세무조사 전 과정에 함께 입회하며, 필요한 경우 납세자 대신 의견을 진술해 주기도 합니다.

테이블 위에 놓은 '체크' 표시가 된 나무 큐브를 집고 있는 모습이다.

3) 조사 종료

조사가 끝나면 국세청에서 세무조사 결과 통지서를 보내줍니다. 결과에 동의한다면 조기결정신청서를 제출하고, 고지된 세금을 납부하면 돼요.


반대로 결과에 이의가 있을 경우, 과세 전 적부심사 청구를 통해 국세청에 다시 판단을 요청할 수 있는데요. 필요하면 조세심판원이나 감사원에 심판(사)청구, 또는 행정소송 등을 통해 권리를 보호받을 수 있어요.

평소에 준비해 두면 좋아요

세무조사 대응 방법

🚨 매출 누락은 가장 큰 리스크

세무조사에서 가장 자주 문제 되는 건 매출 누락입니다. 특히 현금 거래는 금융거래 내역을 통해 쉽게 추적되기 때문에, 애초에 부가세 신고 단계부터 정확하게 매출을 신고하는 것이 중요해요.


현금영수증 의무발행 업종의 경우 매출 누락이 적발되면, 세금 추징은 물론 미발급 금액의 20%에 해당하는 추가 가산세까지 낼 수 있습니다. 

👤 인건비 신고 정확하게 하기

인건비는 세무조사에서 반드시 확인하는 항목입니다. 실제로 지급한 금액보다 많게 신고하거나, 실제로는 급여를 주지 않았는데 가족이나 지인 명의로 허위 신고한 경우 문제가 될 수 있어요. 평소에 인건비 지급 내역을 명확히 관리하고, 급여 관련 서류나 증빙 자료를 빠짐없이 정리해 두는 것이 좋아요.

🧾 적격증빙 챙기기

세금계산서나 신용카드 전표처럼 적격증빙이 제대로 갖춰져 있어야 비용 처리가 인정됩니다. 적격증빙 없이 비용 처리하면, 해당 비용을 인정받지 못할 수 있고 가산세까지 부담해야 할 수 있어요.


특히 실제로 거래는 없는데 세금계산서만 주고받는 경우, 단순히 세금 문제를 넘어 형사처벌 대상이 될 수 있으니 주의하세요.

💳 생활비・사업 비용 구분하기

사업을 운영하다 보면 개인 생활비와 사업 비용이 섞이는 경우가 많아요. 하지만 사업과 관련 없는 지출을 비용으로 처리하면, 세무조사에서 부적절한 항목으로 지적받을 수 있어요. 사업자 카드나 계좌를 따로 만들어 관련 지출을 구분해 두면 훨씬 명확하게 정리할 수 있습니다.

세무조사 자주 묻는 질문

이런 점이 궁금해요!

Q. 국세청 비정기 세무조사 대상은 어떻게 선정되나요?

💁🏻 국세청은 단순 신고 내역 뿐 아니라 소득과 지출, 금융 흐름 전반을 비교하고 교차 분석하면서 조사 대상을 선정해요. 

 

예를 들어,

  • 신고 소득에 비해 자산이 급격히 증가했거나

  • 지출 규모가 과도하게 큰 경우

  • 반복적인 고액 현금 거래가 발생하는 경우

신고되지 않은 소득이 있는지 여부를 중점적으로 검토하게 됩니다.

 

또한 금융기관이 수상한 거래나 불법 자금이 의심되는 금융거래를 발견하면 이를 금융정보분석원에 보고하는데요. 해당 정보가 세무조사 대상 선정 과정에서 활용될 수 있어요.

 

특히 일정 금액 이상의 현금 거래는 자동 보고 대상으로, 고액 현금 입출금이 빈번한 경우 세무조사로 이어질 가능성이 있습니다.

Q. 세무조사는 몇 년 전 신고 내용까지 조사 대상이 되나요?

💁🏻 세무조사 대상 기간은 부과제척기간을 기준으로 정해져요. 부과제척기간이란 국가가 세금을 다시 계산해 부과할 수 있는 법정 기간을 말하는데요. 일반적인 경우 부과제척기간은 5년, 부정행위(적극적인 탈세 행위)를 저지른 경우 10년에 해당합니다. 특별한 사유가 없다면 최근 5개 연도에 대한 신고 내용이 조사 대상이 돼요. 

Q. 매출이 적은 소규모 사업자도 세무조사 대상이 될 수 있나요?

💁🏻 네. 매출 규모가 작더라도 아래와 같은 사유가 확인되면 소기업이나 소규모 사업자라 하더라도 세무조사가 진행될 수 있어요.  

 

  • 명의를 빌려 사업을 한 경우
  • 차명계좌를 사용한 정황이 있는 경우
  • 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 등

 

즉, 세무조사 대상은 매출 규모만으로 결정되는 것이 아니라, 탈세 가능성이나 위법 정황이 있는지를 종합적으로 고려해 선정돼요. 

이 콘텐츠는 세무사 남궁찬호님의 도움을 받아 한국능률협회미디어와 함께 만들었습니다.
해당 콘텐츠는 2026년 2월 24일에 발행되었습니다. 발행일 이후 변경된 내용이 있을 수 있으니 참고해주세요. 오직 정보 제공만을 목적으로 제작되었으며, 개인적인 자문 또는 홍보 목적의 콘텐츠가 아닙니다. 개인의 상황에 따라 다르게 적용될 수 있으며, 개인이 입은 손해에 대한 법적 책임을 입증하기 위해 사용할 수 없습니다.

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