개인사업자 연말정산, 놓치기 쉬운 실수 알아보기

사업할 때 꼭 알아야 하는 세무 정보
2024.12.12

읽는시간 4

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  • 연말정산이 처음이라 어떤 것을 해야 하는지 모르는 사장님
  • 연말정산할 때 실수를 줄이고 싶은 사장님
‘13월의 월급’이라고 불리는 연말정산은 1년 동안 낸 소득세를 다시 계산해서, 너무 많이 낸 세금은 돌려받고 부족했던 세금은 더 내는 과정이에요. 연말정산 시즌이 되면, 사업주 역시 직원들의 소득세를 정산하는 일이 큰 과제로 다가옵니다.
 
직원들은 본인의 소득과 공제 항목을 정확히 정리해서 사업주에게 제출해야 하는데요. 사업주는 이를 바탕으로 세금을 다시 계산하고, 국세청에 신고합니다. 2025 연말정산에 대비해 사업자들이 놓치기 쉬운 연말정산 항목과 준비 방법을 알아볼게요.

개인사업자 연말정산 때 놓치기 쉬운 실수를 알려주는 종모양 옆에 느낌표가 붙어있다.

개인사업자 연말정산

유형별 신고 의무 알아보기

연말정산은 근로자의 소득세를 정산하는 과정이지만, 신고는 사업자가 해야 해요. 사업자 유형별로 연말정산 의무가 있는지 살펴볼게요.

사업자 연말정산 의무

  4대보험에 가입한
직원이 있을때
4대보험에 가입한
직원이 있을때
개인 O X
법인 O X

개인사업자, 법인사업자 모두 4대보험에 가입한 직원을 고용하고 있다면 연말정산을 해야 해요. 직원이 없거나, 4대보험에 가입되지 않은 일용직 근로자나 프리랜서를 고용한 경우에는 연말정산을 할 필요가 없어요. 직원이 아닌 자신의 사업소득에 대해 5월에 종합소득세 신고를 하면 됩니다.

 

단, 법인사업자는 직원이 없다 하더라도 1인 법인 사업자로 대표자 본인에게 급여를 지급하고 있다면 해당 근로소득에 대해 연말정산을 해야 해요. 하지만 1인 법인사업자이나 무보수(대표자 급여를 지급하지 않는 경우) 대표자라면 연말정산을 할 필요가 없어요.

개인사업자 연말정산 유의사항 ➊

신규 입사자 이전근무지 확인하기

올해 입사한 직원이 있다면, 이전에 다른 직장에서 일한 적이 있는지 꼭 확인해야 해요. 연말정산은 1년 동안 받은 모든 월급을 합쳐서 세금을 계산해야 하기 때문인데요. 만약 직원이 다른 직장에서 일했다면, 그곳에서 발급한 퇴사자 원천징수영수증을 받아야 합니다. 직원의 건강보험 자격득실 확인서를 보면 이전 직장이 있었는지, 어디에서 일했는지 확인할 수 있으니 참고하세요.

개인사업자 연말정산 유의사항 ➋

근로자에게 연말정산 자료 받기

근로자는 부양가족 공제, 신용카드 소득공제, 주택 관련 소득공제, 의료비, 기부금, 교육비, 보험료 공제 등 연말정산 시 다양한 세제 혜택을 받을 수 있어요.

 

대부분의 자료는 국세청 홈택스의 '연말정산 간소화 서비스'를 통해 자동으로 조회되지만, 일부 항목은 홈택스에서 조회되지 않아 근로자가 직접 준비해야 하는데요. 이 경우 사업자는 근로자로부터 필요한 연말정산 관련 자료를 받고, 검토해 국세청에 신고해야 합니다. 어떤 서류를 직접 전달받아야 하는지 잘 알고 있는 것이 좋아요.

📑 근로자에게 직접 전달받아야 하는 서류

  • 일부 기부금 단체의 기부금 영수증
  • 미취학 아동의 교육비 영수증
  • 월세 세액공제를 위한 임대차계약서 및 월세 납입 증명서
  • 안경(렌즈 포함) 구입 비용 영수증
  • 일부 의료기관의 의료비 영수증

빠진 자료나 잘못된 정보가 있으면 근로자가 받을 공제가 줄어들 수 있고, 사업자도 불이익을 받을 수 있으니 꼼꼼히 체크하세요.

개인사업자 연말정산 유의사항 ➌

인적공제 대상 잘 판단하기

사업자는 근로자의 인적공제 대상 여부를 명확히 확인하고, 필요한 자료(가족관계증명서, 소득 증빙 등)를 받아야 해요. 배우자, 부모, 자녀와 같은 부양가족이 인적공제 요건을 충족하는지 꼭 확인해야 해요.

👥 인적 공제 요건

  • 소득 요건: 연간 소득금액 100만원 이하(근로소득만 있다면 총 급여 500만원 이하)
  • 나이 요건: 만 20세 이하 자녀 또는 만 60세 이상 부모님

만약 부양가족 중 연간 소득이 100만원을 넘거나 나이 요건이 충족되지 않는데 인적공제 대상으로 포함한 사람이 있으면 과다 공제가 될 수 있습니다. 과다 공제 시 근로자와 사업자 모두 가산세를 내야 할 수 있으니 주의하세요.

개인사업자 연말정산 유의사항 ➍

개정 세법 체크하기

세법은 매년 바뀌기 때문에, 작년에 가능했던 공제 항목이 올해는 없어지거나, 공제 금액과 요건이 바뀔 수 있어요. 따라서 올해 연말정산에 적용되는 최신 세법을 반드시 확인해야 합니다.

 

연말정산은 근로자의 소득세를 신고하는 절차이기 때문에 근로자가 직접 세제 혜택 요건을 충족하는지 확인해야 하지만, 사업자 역시 원천징수 의무자로서 연말정산 과정에서 실수를 하면 가산세를 내야 할 수 있어요. 바뀐 세법을 한 번 더 확인해 보는 게 좋습니다.

'세금' 양식을 돋보기로 살펴보고 있는 이미지다.

개인사업자 연말정산 유의사항 ➎

연말정산 제출 자료 목록 확인하기

세무사 없이 사업자가 직접 국세청 홈택스에서 연말정산을 진행하는 경우 일부 신고서나 명세서를 모르고 빠뜨리는 경우가 있어요. 아래 항목을 꼼꼼하게 확인하고 제출해야 해요.

📑 개인사업자 연말정산 제출 자료

  • 원천징수이행상황신고서
  • 근로소득 지급명세서
  • 근로자에게 받은 서류

연말정산에서 신고한 근로소득 지급액은 다음 해 5월 종합소득세 신고 시 사업장의 비용(급여 항목)에 포함됩니다. 종합소득세 신고서의 급여 금액과 연말정산 자료가 일치해야 하니, 자료를 정확히 정리하고 검토하는 게 중요합니다.

연말정산은 단순한 행정 절차가 아닌, 직원들의 신뢰를 쌓고 사업장의 세무 리스크를 줄이는 중요한 과정이에요. 개정 세법과 연말정산 제출 자료를 꼼꼼히 확인하여 실수 없이 연말정산을 잘 마치길 바랍니다.

3줄 요약

  • 직원을 고용한 개인사업자나 급여를 받는 법인사업자 대표는 연말정산을 해야 해요.  
  • 근로자에게 받는 연말정산 자료를 잘 챙기고, 바뀐 세법도 꼭 확인해 보세요. 
  • 인적공제를 잘못 신청하거나 신고를 빠뜨리면 가산세를 내야 할 수 있어요.

이 콘텐츠는 세무사 남궁찬호님의 도움을 받아 한국능률협회미디어와 함께 만들었습니다.

해당 콘텐츠는 2024년 12월 12일에 발행되었습니다. 발행일 이후 변경된 내용이 있을 수 있으니 참고해주세요. 오직 정보 제공만을 목적으로 제작되었으며, 개인적인 자문 또는 홍보 목적의 콘텐츠가 아닙니다. 개인의 상황에 따라 다르게 적용될 수 있으며, 개인이 입은 손해에 대한 법적 책임을 입증하기 위해 사용할 수 없습니다.

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